A maior das ameaças atuais aos ecossistemas de água doce é a criação de barreiras à conectividade fluvial, por barragens, por açudes, ou por outro tipo de barreiras. Estas barreiras impedem o livre fluir da água e impedem também a passagem de peixes, de sedimentos e o funcionamento dos processos físico-químicos naturais.
De facto, as grandes barragens, os açudes e vários outros obstáculos construídos no curso dos rios, durante as últimas décadas, interrompem os percursos migratórios de várias espécies de peixes e são a principal ameaça à sua sobrevivência. Nos últimos anos, na Península Ibérica, só a lampreia-marinha perdeu 80 por cento do habitat, havendo muitas outras espécies altamente ameaçadas.
Precisamos de refrear a criação de barreiras à conectividade fluvial, pois estas causam uma enorme pressão, não permitindo a manutenção dos ecossistemas de água doce e da sua biodiversidade, fazendo com que várias espécies de peixe que consumimos tradicionalmente desapareçam, e favorecendo a introdução de espécies exóticas.
Em Portugal, estimamos ter cerca de 8000 barreiras à conectividade fluvial. Muitas destas barreiras estão obsoletas, ou seja, estão velhas e não têm uso no presente. Infelizmente, Portugal não tem um programa de remoção sistemática de barreiras, uma realidade noutros países da europa e do mundo.
Hoje em dia, apesar das diversas diretrizes europeias em contrário, Portugal tem vários programas e projetos que planeiam a construção de barragens para regadio, sendo exemplos o Programa Nacional de Regadios, o Projeto Tejo, e a Barragem do Pisão financiada pelo PRR.
